Le macaron serait apparu au Moyen-âge, en Europe. À l'origine les macarons étaient aussi créés à partir d'amandes, de sucre et de blancs d'œufs, ils seraient nés au VIIIe siècle dans les monastères vénitiens. D'ailleurs, le nom de "macarone" signifie "pâte fine" en Vénitien, la langue de la province italienne où ce dessert aurait vu le jour. Avant de s'unir deux à deux, ces petits gâteaux se présentaient individuellement.
À la Renaissance, ces petites douceurs ont été introduites en France par Catherine de Médicis, à l'occasion de son mariage avec le Duc d'Orléans, qui était le futur roi de France.
La recette de base a ensuite inspiré plusieurs spécialités régionales, telles que le macaron de Lorraine apparu au XVIIIe siècle sous l'égide des Dames du Saint-Sacrement ou le macaron de Boulay dont la création remonte à 1854. C'est dans les années 1830, à Paris, que les pâtissiers ont eu l'idée d'accoler ces biscuits deux par deux en les garnissant d'une ganache.
Aujourd'hui, les macarons sont une spécialité de plusieurs villes et régions françaises telles : Amiens, Montmorillon, Le Dorat, Sault, Cormery et Chartres. Le macaron le plus connu reste cependant le macaron parisien.